機場管理局早前發表興建第三條跑道的諮詢文件，即時引起環保團體的關注。有團體指出，香港的中華白海豚數目不斷下降，與船隻航次增加、過度捕魚及大嶼山水域的填海工程有關，更擔心日後落實興建跑道，將會進一步影響該區的海洋生態。

香港海豚保育學會會長洪家耀指出，在過去十多年，本港水域的中華白海豚及江豚，數量有明顯下降，由03年的158條，下降至去年的75條。他認為，船隻航班增加、過度捕魚及填海工程不斷，直接影響海豚的生態；他又指出，機管局在興建第三條跑道的諮詢文件中，刻意淡化填海工程，對中華白海豚有嚴重影響，故促請當局應構思及建議重大海豚保育措施。

另外，香港大學早前進行一項海洋保育調查，發現逾八成受訪者認為海洋的健康狀況非常重要，並願意身體力行保護海洋；但仍有40%人誤解海洋能無限量供應海鮮。港大生物科學學院教授薛綺雯稱，本港有關海洋的教育不足，希望政府能加強，她又指，現時預計興建的第三條跑道位於重要生態區域，在該區進行工程會影響一定生態，建議政府小心處理相關環境評估。